San Charbel Makhlouf nació en 1828 en el Líbano. Fue el menor de cinco hermanos. Cuando tenía apenas tres años, su padre fue obligado a realizar trabajos forzados y murió lejos de su familia.
Durante su infancia cuidaba la vaca de la familia y asistía a la escuela parroquial. Desde muy joven dedicaba largas horas a la oración y la contemplación de Dios. En 1851, pese a la oposición de su madre y de sus tíos, dejó su hogar para seguir la vida religiosa.
Realizó una peregrinación a pie hasta un monasterio, donde profesó sus votos monásticos en 1853. Más tarde fue ordenado sacerdote y vivió durante 19 años en el Monasterio de San Marón. Sus superiores fueron testigos de su profunda vida espiritual, y su fama de hombre santo y obrador de milagros se extendió incluso entre los musulmanes.
En 1875 comenzó a vivir como ermitaño y pasó los siguientes 23 años en una ermita dedicada a los santos Pedro y Pablo. En diciembre de 1898 sufrió un derrame cerebral mientras celebraba la Divina Liturgia de la Iglesia Maronita y falleció en la víspera de Navidad.
Desde su muerte, miles de peregrinos han visitado su tumba y se le atribuyen cientos de milagros.